每当大学士申时行走到文华殿附近，他就自然而然的感到一种沉重的负担。这是一种道德观念的负担。
文华殿坐落紫禁城东部，皇帝在此就读。1574年，万历髦龄10岁的时候，他就能挥笔写作径尺大字。写下了“责难陈善”四个字当场赐给申先生，意思是希望他的老师能规劝他的过失，提出有益的建议。这四个字的含义是这样深透，书法的笔力也很劲拔，申时行接受这样的赏赐不能不感到极大的荣幸。13年之后，申时行所深感不安的乃是他所尽的心力，并没有达到预期的效果。一个“万历之治”的灿烂理想，也许至今已成泡影。
申时行不是皇帝五个蒙师之一，但他所担任的功课最多，任课时间也至久。现在身为首辅，他仍然担负着规划皇帝就读和经筵的责任。因之皇帝总是称他为‘优生”而不称为“卿’，而且很少有哪一个月忘记了对申先生钦赐礼物。这些礼物有时没有什么经济价值，而纯系出于关怀，诸如鲤鱼二尾，批把一篮，折扇一把，更蒲数支之类；但有些礼物则含有金钱报酬的意义，例如白银数十两，彩缎若干匹。不论属于哪一类，这都足以视为至高的荣誉，史官也必郑重其事，载于史册。
得任为皇帝的老师是一种难得的际通，也是“位极人臣”的一个重要阶梯。固然并不是既为老师就可以获得最高的职位，但最高的职位却经常在老师中选任。在皇帝经筵上值讲，必然是因为在政治、学术、道德诸方面有出类拔萃的表现。值讲者即使还不是卓有成就的实行者，至少也是众所推服、彻底了解国事的思想家。
根据传统习惯，皇帝为皇太子时即应就读，受傅于翰林院诸学士，称为东宫出阁讲学。登极之后，除继续就读而外，他还要出席另一种形式的讲学，即所谓经筵。经筵于春秋两季气候温和之时举行，每月三次。每次经筵，所有六部尚书、左右都御史、内阁大学士和有爵位的朝臣勋戚都要一体参加，还有给事中，御史多人也在听讲的行列中出现。
经筵举行的时间一般在早朝之后，皇帝在大汉将军20人的保卫下首先驾到。在这文质彬彬的场合中，大汉将军也免除甲胃而穿上袍服，但仍携带金瓜等等必不可少的武器。皇帝在文华殿面南坐定，传谕百官进入，行礼如仪。至此，鸿肿寺官员将书案一张摆在御座之前，专供圣鉴；另一张摆设在数步之外，为讲官所用。参加听讲的官员鱼贯而入，分列书案左右。
经筵和其他所有的仪式一样，必有其目视耳听的对称均衡。先一日用楷书恭缮的讲义此时已经陈列于案几之上。在赞礼官呼唱之下，两员身穿红袍的讲官和两员身穿蓝袍的展书官出列。他们都是翰林院中的优秀人员。讲官面对皇帝，展书官在书案两侧东西对立。接着是讲官叩头，叩头毕，左边的展书官膝行接近书案，打开御用书本讲义，用钢尺压平。此时左边的讲书官也已经超前，站在中央的位置上，开始演讲。讲完后，书本盖覆如前，讲官及展书官退列原位，以便右边的同僚履行任务。左边讲官所讲授的是“四书”，右边讲官所讲授的则为历史。此种节目，历时大半天只有讲官可以口讲指划，其他全部人员都要凝神静听，即在皇帝亦不能例外。如果当今天子偶然失去了庄重的仪态，把一条腿放在另一条腿之上，讲官就会停止讲授而朗诵：“为太君者，可不敬哉？”这样的责难不断重复，决无宽贷，一直到这个为人君者突然发现自己的不当而加以改正，恢复端坐的形态为止。
这种繁文缛节乃是当日国家中一种重要制度。经筵的着眼点在发挥经传的精义，指出历史的鉴戒，但仍然经常归结到现实，以期古为今用。称职的讲官务必完成这一任务，如果只据章句敷衍塞责或以佞辞逢迎恭维，无疑均属失职，过去好几个讲官就曾因此而被罢免。
在正面阐述圣贤之道的时候，讲官可用极委婉的言辞，在不妨碍尊严的条件下对皇帝作必要的规劝。皇帝在经筵上可以提出问题，甚至说明他不同的观点，但是资问或指斥讲官，则属于失利。即讲官准备不充分，讲辞前言不对后语，皇帝感到不快，也不能当场流露，而只能在事后间接提出。执行任务时讲官所受的优礼乃是长期历史的产物；即在正德皇帝，那位大有离经叛道意味的人君，也没有废止这种优礼。这位不平常的皇帝，他对讲宫接二连三地影射批评自己，另有报复的妙法，即“一脚踢到楼上”——这些尽忠的讲官经常被升迁；其所任新职，则十九又在边区远省。
申时行现在不是讲官，而是经筵负责人，执掌全盘的计划。他的办公地点是文渊阁，坐落在午门之内。在办公时间内，皇帝和他的首辅相去不过1000米。但是这1000米，也是全世界距离最长的1000米。这种距离不在于官寝和文渊阁之间有重重叠叠的门墙和上上下下的台阶，而在于除了早朝和讲读外，皇帝已极少接见大学士。他们之间的交往差不多全部出于纸头书面。偶而皇帝也派宦官口传圣旨；直接宣召大学士面两国事，但在申时行任首辅期内，已属绝无仅有，平均一年不过一次。至于皇帝亲临文渊阁，在本朝历史上则已经是160年前的事情了。
文渊阁的正厅供奉孔子像。两侧有官舍四间，另有阁楼，乃是保存书籍档案的地方。阁前不远有东西两排平房，是为书记人员抄缮文件的办公室。以这些房屋作为我们庞大帝国的神经中枢，似乎过于朴素；但是和国初相比，则已有了长足的发展。当年草创伊始，文渊阁真的是一间亭阁，为皇帝职掌御前文墨各官等候召见时歇足之处。以后扩充官舍，增加图籍，又辅之以吏员，才规模大备，可是它的性质仍非片言只语所能概述。它既像皇帝与文官集团间的联络处，也像各部院以上的办公厅；有时又像皇帝的顾问室，或是调解纠纷的超级机构。总而言之，它所做的事，就是以抽象的原则，施用于实际问题，或者说把实际问题抽象化。例如经过皇帝批准，人事有所任免，文渊阁公布其原因，总是用道德的名义去掩饰实际的利害。因为本朝法令缺乏对具体问题评断是非的准则，即令有时对争执加以裁处，也只能引用经典中抽象道德的名目作为依据。
在文渊阁办公的首辅申时行的内心深处，不可能对经筵产生与众不同的兴趣。讲书的时间既长，典礼也过于呆板。参加这种仪式，他要在天色未明之前起床，熬过一段悠长枯燥的时间，等到经史讲完，书案依次撤去，参加的人员鱼贯下殿，在丹城上向御座叩头如仪，然后才能盼来这经筵之“筵”。此即在左顺门暖房内所设的酒食。这酒食为光禄寺所备，各官按照品级职务就座；其中的讲官、展书宫及抄写讲义的人员，则又就座于同阶官员之上。
身为首席大学士，经筵监督者，申时行有责任使全部程序和谐地演出。要是皇帝出现倦容，或是讲官失言以至其他官员失利，他都要引咎自责。有时候他自己也不能理解，为什么他一个人要继续坚持经筵必须不断举行？难道他不像其他人一样憎恨这令人折骨伤筋的节目？按理说，他对经筵的反感，不可能在旁人之下。因为他就任今上讲官之前，早就担任过先是隆庆的讲官。在文华殿前的花岗石上，他匍匐了这么多次，以至熟悉了每一石块的特点。经筵的令人厌倦之处，他比别人有更多的体会。然而首输申先生忠于职守，仍然在兢兢业业地维护这个传统节目。在对待早朝的问题上，他也持同样的态度，坚持不应断辍。导朝本是苦事，而在寒风凛冽的严冬为尤甚。前一年冬天，申时行就听到过官员在导朝时互相讪笑，说是某人的白脸已冻成大红，另一人的红脸又变为漆黑。申阁老深知他在这种情形下，坚持早朝的不断举行，必将使自己成为朝廷上不受欢迎的人物。
公历1587年，时为万历十五年，申时行52岁，他已感到未老先衰。几年之前，他即已鬓发苍苍，现在身为首转，位被人臣，又有张居正前车之鉴，为什么他对一切还要那么认真而不听其自然呢？
这又是说来话长。
本朝治理天下，礼仪所起巨大的作用，已略如前述。皇帝以一人而君临天下，具有最高的权威，实因天意之所归。天意必须通过亿万臣民的信念而体现出来。皇帝和他的大臣，经常以庄严美观的形式举行各式各样的礼仪，又为巩固这种信念不可或缺。无数次的磕头加强了皇帝神圣不可侵犯的意义；而他亲自主持各种礼仪，更表明他也同样受上天的节制，即受传统的道德所节制。儒家经典的教条愈简单平淡，就愈要加强学习，接二连三地听来讲去，借此加强我们理智的主宰。越是地冻天寒，酷暑蒸人，我们的早朝也更可以收到锻炼身心之效。就是皇帝的亲耕，看来有很明显的象征成份，但象征不一定就是虚伪。如果所有参加典礼的人都相信这种象征，而决心以行动促其成为现实，这又是何等壮大的力量！一月三次的经筵，其目的更直截了当，它表现了皇帝和大臣们坚决地在经典和史籍中寻觅最有效的方法，以达到大同之治。
正是对上述意义有了深切的理解，申时行更不能无愧于中。因为他所尽的心力，并未达到预期的效果，这有事实为证：1586年的新秋，23岁的皇帝降下谕旨，说他早晨起床后突然感觉头晕脑胀，需要停止早朝和出席经筵、日讲；而且所谓停止，又无时日的限制。12个月以后，这头晕脑胀，又奇妙地重复出现。更令人感到不安的是皇帝刚刚说完精力不支，宦官却传出了万岁爷在紫禁城内骑马驰骋的消息；接着又有人说他试马伤额，不想让廷臣看见，消息传开，礼部的一位官员就奏上一本，规劝皇帝保重玉体，并注意他身为天子的职责。不想一波方息，皇帝又来一套不能临朝的谕旨，据他自己说，其原因乃是心中火气过旺，服用凉药，凉药压火抵于足部，发生奇痒，因之搔破皮肤，行走不便。然而与此同时，宫内却又传出皇上饮酒过多，夜间游乐过度，与妃嫔交往过切如此等等的消息。
这自然会使申时行感到伤心。他曾写信给朋友诉苦，说他处于无可奈何的境地。他还写诗责备自己的无能：“王师未奏康居捷，农扈谁占大有年？袁职自惭无寸补，谁应投老赋归田！”意思说军队没有打胜仗，农民没有享丰年之福，可见他自己位居高官，对国事毫无贡献，自应退休，返里归乡。然则申时行并不真是一个容易灰心的人。在发完牢骚之后，他仍然抖擞精神，继续执行他首辅的职责，摊开赛本，用楷书端端正正地写上，请求陛下以社稷为重，保养玉体，但是经筵决不可长期停止，太相洪武皇帝，经筵讲到叩岁仍然坚持不息。他同时又和朋友通信，指出局势很难，“上下否足，中外腰携，自古国家未有如此而能长治久安者”。
申时行是一个富有现实感的人，他懂得为臣之道。如果皇帝说他的问题在脚痒，首席大学士就一定要相信这问题在脚痒。更应该欣幸的是皇帝陛下竟用了这么多的语句细诉他的困难，这就不失为可喜的现象。所以看来皇帝的病源不深，早朝和经筵不致耽搁太久。好在新的讲官和展书官都已派定，只要皇帝能够出席，经筵可以立即继续举行。而且他还考虑，如果皇帝觉得早起困难，则不妨把早朝和经筵的时间稍稍推迟。这些问题都属于可以通融之列。
申时行之被任为首辅，似为一串意料之外的机缘所促成。
1582年张居正逝世之后，继任者为张四维。但是不出一年，第二位张阁老的父亲也不幸去世。当时自然不能再来一次“夺情”，张四维只能离职丁忧。在此离职期间，申时行代理首轨但是张四维本人在居丧将要满朝的时候又突然患病，而且一病不起。以前较申时行资深望重的大学士马自强和吕调阳也已病死，这样，命运就把资格最浅的大学士申时行推到了最前面。
1587年，申时行官居首辅已4年。他自称未老先衰，其实精力正旺。他的父母去世多年，所以没有丁忧的顾虑。他为人温和谦让，没有几位前任那种趾高气扬的姿态。王世贞所作《内阁首辅传》称他“蕴藉不立崖异”，就是说他胸中富有积蓄，但是不近悬崖，不树异帜。这一评价在恭维之中寓有轻视的意味。而申时行的温和谦让，却也始终投有能使他能在政治风浪之中置身事外。他以后被卷入争端，进退维谷，直到提出解呈11次之多，才能奉准退休。
申时行由张居正的推荐而入阁，表面看来，这一点对他关碍不深，因为1582年前后，在中枢出任要职的几乎全部为张居正的私人。申时行和张四维不同，他以才干取得张居正的信任，而不是以诌媚见用。在张居正死后，他承认张居正的过错，但并不借此夸大前任的过失，作为自己执政的资本。其间差异既为同僚所深知，也为皇帝所了解。
申时行和其他绝大多数的大学士一样，出身于政府中执掌教育和文墨的部门。1562年，他在299名殿试及第的进土中名列第一，即得中状元，并按例授翰林院修撰。此后他在翰林院任职达15年，官至待读，并升转兵部及利部侍郎，在职仅7个月，即被命为大学士。他和张居正、高拱一样，未曾就任北京以外的官职。
难道一个人熟读经史，文笔华美，就具备了在御前为皇帝作顾问的条件？难道学术上造诣深厚，就能成为大政治家？25年前，翰林院修撰徐时行（当时他尚未姓申，仍袭用外祖徐姓）也曾对这些问题发生疑惑。但是今天的大学士申时行对此早已涣然冰释，理解了其中的精微奥妙。因为我们的帝国在体制上实施中央集权，其精神上的支柱为道德，管理的方法则依靠文陵。
多年的翰林生活更使申时行对这些问题的理解逐渐加深。翰林院的官员替皇帝撰写浩敕，浩敕的接受者总是孝子贤孙，同时也是眼光远大的父母或是能够周济邻里领导地方的正人君子。执掌文墨与教育的官员也向皇帝反复说明，为人君的职责是在使人民在丰年得以温饱，凶年不致填于沟壑。他们也要阐明三代以来的王道至今依然适用，即一个良好的政府务必选贤任能，同时在社会上提倡诚信与和谐。总而言之，道德至高无上，它不仅可以指导行政，而且可以代替行政。至于具体的技术问题，例如一个蛮夷酋长当抚当剿的得失，使黄河水道南移或北迁的利弊，边区条马交易折换率的调整，等等，自然也很重要，但这是属于各地总督巡抚的范围，他们理应提出建议。按本朝传统，所有的建议仍当奏请皇帝批准。然则用人适当，各地总督巡抚都是众望所归，他们的建议，也必为上策佳计，所有奏请，必然会得到批准。所以归根结底，技术问题仍与道德问题不可分离。
翰林学士在执行职务期间，既已接受道德伦理的熏陶，而有条件精研各种档案，则为增进技术能力的捷径。在1578年被任为大学士之前，申时行参与修撰嘉靖和隆庆两朝实录和《大明会典》这种编撰工作，必须要把历年所有因革的文件逐月逐日地排比整理并加检讨，正是训练培养内阁大学士的最好方法。现在的首辅申时行，被同僚一致誉为“老成”。这种概念与实际年龄无关。他52岁，比次辅许国小8岁，也比三辅王锡爵小一岁。他的老成来自长期处理各种人事经验；这种经验，使他深知我们这个帝国有一个特点；一项政策能否付诸实施，实施后或成或败，全靠看它与所有文官的共同习惯是否相安无扰，否则理论上的完美，仍不过是空中楼阁。这一帝国既无崇尚武功的趋向，也没有改造社会、提高生活程度的宏愿，它的宗旨，只是在于使大批人民不为饥荒所窘迫，即在“四书”所谓“黎民不饥不寒”的低标准下以维持长治久安。这种宗旨如何推行？直接与农民合作是不可能的，他们是被统治者，不读书，不明理，缺乏共同的语言。和各地绅士合作，也不会收到很大的效果，因为他们的分布地区过广，局部利害不同，即使用文字为联系的工具，其接触也极为有限。剩下唯一可行的就是与全体文官的合作，如果没有取得他们的同意，办任何事情都将此路不通。例如就在这1587年，山东省的三千农民，由于饥荒诞而走险，丛聚为盗；各地白莲教的信徒也大有增加。局势令人惊骇。但仅是惊骇于事无补，解决问题的关键仍在于全体文官的互相合作，互相信赖，以致于精诚团结，众志成城。如果不是这样，则全国1100多个县，其中万别千差，又何能由朝廷训令，使得多个县个个个做事符合机宜？所以说来说去，施政的要诀，仍不外以抽象的方针为主，以道德为一切事业的根基。朝廷最大的任务是促进文官之间的互相信赖与和谐。此亦即鼓舞土气，发挥精神上的力量。
在首辅申时行看来，纵使国步艰难，政府的办、事能否收效，仍可以常识判断。如果各部院寺的文官几个月都见不到皇帝一面，他们就很难维持信心，认为皇帝陛下对各种事情仍能充分掌握。此念一开，他们即会怀疑他对是非善恶可能已经置之度外。信念既失，疑窦即生，他们就很难再尽忠竭力。这也就是“四书”劈头所述的“诚意”至此已经不能维持。这种情况，就是所谓“上下否后，中外腰携”，如果继续下去，挺而走险的农民决不会止于三千，白莲教徒也一定会越来越多了。
要影响全体文官，申时行必须首先提供自己的诚意。他宁可被目为大和事佬，甚至被批评为牺牲原则的政客，但他坚持他调济折衷的原则。他确实看透了国家为解决问题而设立文官，但国家的最大问题也就是文官。而奇怪的是，以张居正的精明练达，竟忽视了这样基本而简单的事实。
在本朝历史上除草创时期的洪武永乐两朝外，文官凌驾于武官之上，已成为绝对趋势。多数的武官不通文墨，缺乏政治意识，他们属于纯技术人员。即使是高级武官，在决定政策时，也缺乏表示意见的能力，偶或有所陈献，也绝不会受到文官的重视。
在申时行充当首辅的年代，全国文官的总数约为20000人，其中京官约占1／100。当他们朝会集合时，就出现一片令人眼目昏眩的现象。他们的朝服为红丝罗绢所制，四品以上为红色，五品以下为蓝色。朝冠系纱制，侧带两翅；朝靴黑色，靴底边上涂以白色的胶漆。腰带并不紧束而是轻松地是在腰间，上镶玉、犀角以及金银等方块，所以在阳光之下闪烁不已。
官员们的品级由“文官花样”表示。此亦即西方人所称MandarinSquare。文官的花样总是绣着两只鸟，鸟的品格和姿态则因级别的高低而异。如一品官的花样为仙鹤翱翔于人中；三品官的为孔雀，一只着地，一只冲天；至九品官则为鹤鸩二只，彼此都在草丛中觅食。武官的袍服形色和文官相似，但品级不用乌而用猛兽来表示，依次为狮子、虎豹、熊务等等。监察官员亦你‘风宪它’，虽然也是文官，但是花样却不标品级而绣以“倾基”。这是传说中的一种猛兽，能辨善恶。它对好人完全无害，但当坏人接近，它就一跃而前将其撕为碎块。还有极少数的文武官员，包括宦官在内，可以由是帝特增绣有蟒、飞鱼、斗牛等形象的袍服，其尊贵又在其他花样之上，这是一种特殊的荣誉。对峙时行于1585年即由万历赐予蟒施。
文官绝大多数由科举出身。最低级的考试合格者称为生员。生员应三年一度的乡武，合格者称为举人；举人参加在北京的会试殿试，合格者称为进士。举人得授九品官职；进士得授七品官职。此处尚有鉴生、贡生等名称，也都可以经过一定的途径得到官职。总之，科举制度以各种考试的办法选拔人才，考来考去，全国的读书人被网罗而应试的总数当在百万以上，其中文理通达的即可由此而登仕途。
科举制度的重要性又在社会风气中得到反外一个读书人如果不入仕途，则极少有机会表现他的特长，发挥他的创造能力；也极少有机会带给一家、一族以荣誉。所以一个人的进学中举，表面上似乎只是个人的聪明和努力的结果，实则父祖的节衣缩食，寡母的自我牺牲，贤委的茹苦含辛，经常是这些成功的背景。无数的条文和墓碑，可为例证。这些文章多有出自儿子或丈夫的手笔，其中歌颂母亲或妻子给他们的赞助扶持，文句悱恻动人，情节也真实可信。皇帝赐给臣下的浩命，也针对这种感情上的需要，恩赐荣典，大多包括妻子以及祖宗三代。此外还有规定：本人可以辞去浩命而转封他们的妻子和祖宗三代。即使获得浩命的先辈早离人世，也无碍于授予。旧的墓碑可以取去，而代之以镌刻着新的荣誉的墓碑；画师可以根据生者的口述画出死者的遗容，画上的袍服，像主可能一生未曾经眼。这样对祖先表扬，也是对子孙的策励。这些浩命又可以传之百世，作为后人楷模。所以辞去自身的思命而转封于先辈，实为一举两得。首辅申时行深深了解其内情，他在不久之前就替二辅许国代呈，辞去他本人应得的升迁，而以相等的荣誉表扬他的亡妻及父母。
基于这些社会背景，文官们自应形成一个具有共同思想的集团。京官为文官中的优秀分子，自然更不必说。他们无例外地从小熟读“四书”。宋代大儒朱意的注释，既为官方确定，奉为正宗，则他们也早全盘接受，因之对一切事物的看法，也更为一致。他们都知道施政出于仁民爱物之心亦即同情和怜恤之心。一个有教养的人知道他自己有生活上的需要，又对家人父子具有感情，推己及人，就不能不想到其他人也有这些需要和感情，那么他也不得不尽力使其他人能获得他们的需要和发挥他们的情感了。
天下的大道理都可以用常情来度量。即便是最为严格的教条，也承认因情理而发生的例外。譬如说一个人对自己的嫂嫂应当敬爱而又经常保持距离，但是当嫂嫂掉进水里，那就不是再保持距离的时候，而一定要用手拉她。这种原则和例外，亦即古人所说经和权。这些关系，文官们也无疑地了如指掌。
因为他们都是读书明理之人，他们也具有无背于圣贤之道的幽默感。这种爱好幽默的情趣，尤其在他们谈论挪揄鸿肿寺礼官时表现无遗。他们所谓‘无哭王晚姜辣李苦”，对于这几位赞礼宫古怪的声调作了很准确的描写。虽然有行礼时候，他们个个一本正经，散班之后却总是有很多令人捧腹的故事在他们中间流传，譬如说礼官自己忘了转弯，唱转而不转，武臣不等赞礼官唱疏而先行下跪等等。
这些为数两千的京官，是否都能具备上述的品德，因而形成一个巩固的集团呢？如果事情真是这样，则他们身为文官中的优秀分子，自应感化其他文官，而后者也就应该具有移风易俗的能力，使全国1100多个县的民风杜绝刁顽而日臻淳厚；本朝刑法中所有骇人听闻的处罚如凌迟处死，也应当早已废止了。如果事情真是这样，这么多身穿懈秀服饰的文官监视其他百官也就毫无必要，皇帝也无须乎赫然震怒，廷杖百富了。可见理想与事实，常常不能相符。否则申时行在执行职务时一定会大感轻松，而以下所叙的事情也不至发生了。
首辅申时行虽然提倡诚意，他对理想与事实的聪节，却有一番深切的认识。他把人们口头上公认的理想称为“阳”，而把人们不能告人的私欲称为“阴”。调和阴阳是一件复杂的工作，所以他公开表示，他所期望的不外是“不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”。达到这个低标准，已经需要一番奋斗，如果把目标定得更高，那就不是实事求是了。
要消除文官中不愿公开的私欲是不可能的。因为整个社会都认为做官是一种发财的机会，不少的小说和笔记都写到，一个人得中进士，立即有人前来出谋划策，如何买田放债，如何影响诉讼，如何利用权势作额外收入的资本。二北京的一些放债人，经常借钱给穷困的京官，一俟后者派任地方官，这些债主就随同任所，除了取回借款之外，还可以本外加利，利又成衣地方官兜揽民政与财政，致富的机会至多。至于官员本身，向这种社会风气投降的程度则各有不同。大多数人觉得在似合法又似＊法之间取得一部分额外收入，补助官俸的不足，以保持他们土大夫阶级的生活水难，与情操无损。另有相当数量的官员，则声名狼藉，其搜刮自肥的劣迹令人愤慨。再有一部分极端人物，则属清高自负，一介不苟取于人，这绝对的道德观念，可以由古怪的南京都御史海瑞作为代表。这三者的差别，也就是文官之间不能和谐的一大原因。
中枢的管理又被官僚习气所掣肘，这是中央集权很难避免的结果。中央对很多边远县份的实际情形无法直接获知，只能依赖地方官的报告。这种文书从地方送达中枢就常常需要一个月。执笔者铺陈请事，动辄使用自古以来最为华丽的辞藻，可是他们却足不出户，所引用的统计资料也许已经一百年没有修订过。自己中枢的大厦坐落在无数含糊暧昧所叠砌的基础之上，于是就必须找出自己的行政管理刃、法。
这种办法，即以“责任”二字为交代。一个地区发生了问题，府县官自然责无旁贷。例如三千亡命之徒，丛聚为盗，当地地方官必受检举。他可以被指责为因循贻误，缺乏胆识，以致事态不可收拾；有时被检举的罪名，也可以完全相反，而被论为浮躁轻率，以致迫使亡命之徒铤而走险。这样，凡是发生事故，中枢之是否能作深入的调查研究已无关宏旨，上级总可以归罪于下级地方官。周密的调查既费周折，而如果受罚者又提出证据为自己辩护，如所出事情，在他到任之前滋生，或者其差错在于邻府邻县，或者由于上级指示错误，则法庭也无法结案。案悬不结，责任不明，必将破坏全部文官机构的规律，失去以后赏罚的标准。
因之我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。牺牲少数人，正是维持大局的办法。人事考察条例，也就从这里着眼。按照规定，四品以下的地方官三年任满应当入京朝觐述职，由皇帝及有关部门核定他们政绩的优劣。但是全国有1100多个县，任何精明强干的人事官员也无法详细知道他们的具体成绩，而只能在大节目上斟酌一二。如果一个地方官所统辖的地区安静无事，税收没有多大亏欠，该地区的民风就是“淳厚”而并非“刁顽”，这一位地方官必为好官而非“浮躁’域“寸力不及”。京官六年一考核，名为‘徐察”，考察也很难根据实际能力和成绩，而大抵是视其人事应付能否得宜而有其上下高低。一对京官对这种考核总是战战兢兢，因为一旦得到一两个不良的评语，则一生事业可能立即付诸东流。本朝历史上最严格的数次考察，曾使两千多文官停职降级。在当政者来说，没有这样的办法，朝廷上就无法去旧迎新；在被考核的文官来说，这样大批的斥退的确令人寒心，于是他们更要互相照顾，以作为保护安全的必要手段。
各式各样的社会关系也使他们结成小集团。出生于一省一县，是为‘乡谊”。同一年考中举人或进土，是为“年谊”；同年的举人或进士就像学校里的同班一样，在原则上有彼此关照的义务，他们的考官则不消说是终身的恩师。婚姻关系，包括男女双方的远亲近属，是为“姻谊”。这多种的“谊”堤形成文官派系的一个主要原因。各派系的主要人物亦即后台老板就有提拔新进的义务；私人的困难，可以协助解决，错误也可以掩饰。被提拔的和被帮助的当然会对后台老板效忠卖力，终身不渝。
申时行既然身居首辅，他不能不感到这种局势的危险。文官名义上任职于各部院寺，各有其官方的组织，但是背后又有他们私人派系。他有一次在给朋友的信内提到这个问题，深深感叹这种公私“阴阳”的区别。可是他有什么办法？他自己还不是依靠张居正的栽培才有今天的地位？申时行不是理想家，他深知人类的弱点不能完全避免。张居正一案已成过去，他现在的任务是要竭诚帮助年轻的皇帝治理国家大事，当务之急是增加文官之间的互相信赖。与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳。正因为如此，他被报多人目为放弃理想以妥协为前提的政客。然而还有人比他更为务实，认为所有伦理道德全是空中楼阁，最多也不过是一种理想和一种装饰。对这种看法，申时行也不能同意。理想与装饰究竟不同于虚伪，一个人仍能以此作为起点去推行他的诚意。
即算本朝推行伦理道德以作为治国的标准，收效不如理想，可是也别无更好的办法。假如没有这些观念和原则，我们政府靠什么而存在？如果放弃“四书”上说的真心诚意，仁民爱物，嫂溺则手援，如何能使2000名京官对事情有一致的看法？又如何能使18000名地方官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂“皇恩浩荡”了我们还有什么更好的标准去教育全国约1肋万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先、寡母、贤妻？个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱是注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
这种伦理教育所收到的效果，可以用前面提到的邹元标为例。邹元标在1577年得中进士，时年26岁。当时他还没有任何官职，然而根据圣贤的教导，他竟上书指出张居正的不肯丁忧的可耻可恶。这一封奏章使他在午门外受到廷杖，进士的头衔革去，降为士兵，流放于贵州的穷乡僻壤。一去5年，直到1583年冤案昭雪，他才被召回北京，任命为给事中，职司监察，穿上了绣有懈劣的饱服。到任不久，他又上书直接批评万历不能清心寡欲。皇帝用朱笔在奏章上批“知道了”三个字，给他面子，免予追究文句的唐突。然而邹元标不识抬举，过不多久，他二次上书，奏章上的用语更无忌讳，竟说万历扯谎，有过不改，而且引用“欲人匆闻，英若勿为”的谚语，揭穿皇帝的装腔作势，说他没有人君风度。这就不能不使万历勃然震怒，准备把这个不知感恩的谏宫再次廷杖。
一个从七品的下级文官，过去对朝廷的惟一贡献只是检举了张居正，今天居然具有这种道德上的权威，敢于直接指斥皇帝，其凭借者安在？万历的看法是，邹元标和其他冷谏者并非对他尽忠，而是出于自私自利，即所谓“讪君卖直”。这些人把正直当作商品，甚至不惜用诽谤讪议人君的方法作本钱，然后招摇贩卖他正直的声望。
这种看法不无事实上的根据。有些文官熟读诗书，深知百世流芳之说。他们可以找到一个题目，宁可在御前犯不敬之罪，今日受刑，明日名扬史册。这样的做法，说明了忠臣烈士的名誉，确乎是一种高贵的商品。否则，何以有许多人愿意付出这样昂贵的代价，放弃经过千辛万苦挣来的进士出身，继之以血肉甚至生命去追求？
既有这种人物具有这样看法，则内阁首辅虽然承认现实，却又不能放弃理想。
申时行决心做和事佬，他的诚意得到了某些文官的尊重，但并不能为全部人土所谅解。他有时被批评为张居正的循吏，有时则被指责为“首尾两端”，即遇事左顾右盼，缺乏决心。但是申时行却并不因这些批评而改变作风。旁人处在他地位上，可能采取比较直截了当的硬性办法。申时行之“蕴藉”，半由天赋，另一半则因为在前任和后台那里得到的教训。张居正死后被参，家产籍没，子弟流放，如果他仍然按照张的作风办事，至少也是没有头脑。今日他端坐在文渊阁中张居正留下的公案后边，当然不能忘怀张居正当年的神情气概。这位炬赫一时的首辅，确乎把他申时行当作门生和属吏。但也正因他申时行能够虚心下气，才有进步成长的机会，而终于成为张居正的继任人。
他的前任和后台是一个聪明绝顶的人物，能够记忆千头万绪的详情末节，同时又极能了解各种人事的机微。在隆庆皇帝去世的时候，几乎所有的廷臣都厌恶高拱，而对张居正却表示好感。甚至他为了获取首辅的地位，不惜与大伴冯保周旋，并以此得到慈圣太后的垂青种种情节，也得到同撩的谅解。1572年他开始为文渊阁主人，确实是一帆风顺。然而在10年之后竟身败名裂，成为历史上一大悲剧的主角。申时行对这一悲剧的内容十分了然，张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步。申时行生平不愿宣扬别人的缺点，对于提拔自己的人，更不会妄加批判。他只是从这悲剧的内幕中得到了教益。
张居正的10年新政，其重点在改变文官机构的作风。这一文官制度受各种环境之累，做事缺乏条理。张居正力图振作，要求过于严厉，以至抗拒横生。在他有生之日，他犹可利用权势压制他的批评者，可是一旦身放，他的心血事业也随之付诸流水。
加强行政效率乃是一种手段，张居正的目的，在于国富兵强。理财本来也是他的专长，但就是在此专长之中，伏下了失败的种子。这其中有很多复杂情况，是为外人所未能深悉的。
这种复杂性首先见于税收。本朝1100多个县，表面上看来都是相等的行政单位，但实际每县税粮总数不仅不同，而且相去极远。在多种情形下，总数一经规定，就因袭而不加修改。一个富裕的县份，其税粮总数可以是一个穷僻县的300倍到500倍之间。
当一个县官详细察看他的辖区时，他更可以发现很多难于置信的事实。这足以证明我们所称为制度，往往只是一个理想。比如说，官方所用度量衡和民间所用的就有大小的不同。又比如，很多县份的耕地几个世纪都没有作过系统的丈量，其间有的增加，有的减少，甚至该地区的地形都有了改变，过去所定税粮数额，可能已与现在实际情形大相径庭。至于土地的所有权，经过几易其手的典押，有时也难以认清谁是真正的地主。
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已为当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在一般情况下，收税达到一定的税额，例如某县已征收了税额的60％，则再催征其余的40％极端困难。即使富裕的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不细粮。他们根据多年经验，知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡。旧税未清常常是新税之累，所以官方只好用种种名义把未收的部分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主没有别的办法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，称为“请人代杖”。南直隶苏州府向称鱼米之乡，就是这样一个典型的地区。申时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的一封信说苏州以赖粮著名，“其乡人最无赖”，此地可称“鬼国”。
百姓缴纳税粮，在规定数字外尚有所谓“常例”，即各地方官按照习惯收入私囊的附加，县官如此，以下村长里长甲长也无不如此。地方官向上缴纳税金税粮，总是先扣常例，至于税额是否如数，则是另一回事。
张居正担任首辅的时候，他用皇帝的名义责令各府各县把税收按照规定全部缴足，这一空前巨大的压力为全部文官所终身不忘。批评张居正的人说，他对京城和各地库房中积存的大批现银视而不见，而还要用这样的方式去敛财，必然会通致地方官敲扑小民，甚至鞭挞致死。这种批评也许过于夸大，但是张居正的做法和政府一贯所标榜的仁厚精神相背，却也是事实，同时也和平素利用乡村看老级外所行“间接管制”的形式不符。这种间接管制虽然行政效率极低，实际上却为事势所需，它在成万成千农民之间解决了官方鞭长莫及的难题。
张居正还有一个错误，则是他忽视了文官集团的双重性格。固然有很多官僚凭借特权，引用私人，扶植地主和高利贷者的利益。但是“四书”所揭案的、为文官集团所标榜的宗旨，也并不全是口头禅。如导之以诚意，一些有责任感的年轻人如邹元标辈，又真能不顾一己安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命。这种自我牺牲的精神，能在存亡于肤发之间击退北方游牧民族的内犯，也能在万苦千辛中修复黄河的决堤。他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”，而是他们深知自我牺牲，必须得到皇帝的肯定和合作，才能使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也正因为在他们心目中，张居正的措施放弃了古圣先贤的宗旨，而是急功好利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，最终必然窒碍难行，落一个引用私人的下场。
从客观条件来看，张居正之弓佣私人，是无法避免的。以我国幅员之六，交通通信又极落后，任何有能力的内阁，也不能对各种地方官有周密的了解和实际的控制。张居正一心改弦更张，10年‘专政”之后，各地税额并没有调整；地方政府仍然无法管理农村，官吏薪给之低，依然如故。总之，这种维新不过是局部的整顿，而非体制上的变革。张居正本人认真办事，一丝不苟，他亲自审核政府的账目，查究边防人马的数额，下令逮捕犯法的官吏，甚至设计各种报表的格式，规定报告的限期。他所派遣的总督和任命的尚书个个精明能干，然而他们的诚信仍有问题。因为撇开他们本身不说，他们属下的低级机构，依然处于各种各样不合理条件之下，离开了权术，这些高级官员也无精明能干之可言，而权术又总是和诚信背道而驰的。
在名义上张居正是皇帝的顾问，并无决策和任免的权力。为了贯彻自己的意图，他经常以私人函件的形式，授意于他亲信的总督巡抚，要他们如此如此地呈奏皇帝，然后他以内阁大学士的身份票拟批准他自己的建议。为了鼓舞亲信，他有时还在函件上对他们的升迁作出暗示。这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成一个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。
张居正的全套措施，彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的、有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级成为道德问题。
张居正既不能撇开文官集团而自起炉灶，他的所作所为也就无法避免矛盾。举一个例子说，他个人物质生活的奢华惹人议论至多。数年之前，小皇帝万历听说张先生要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，于是就亲自下令由内库拨发白银一千两以为资助。因为在小皇帝的心目中，他的老师官俸并不丰厚。但是张居正去世之后，万历皇帝才听说北京张宅的增修费用，竟为白银一万两。更令人惊讶的是北京张宅刚刚修造完毕，湖广的江陵立即出现了一座规模相同的张宅，主其事者是锦衣卫的一个庞姓军官，建造的费用不消说来自官库。张居正获悉此事，自称于心不安，但并没有毅然拒绝这些小人的阿泱奉献。接通而来的就是湖广的地方官动用公款先后建造三座石坊以颂扬张居正的功业。次之则张居正以整理驿传作为他自己的一大政绩：当时政府设立的各个驿站，照例对来往官员供应车马食宿，他花费了很大的心血，务使真正有公事的人，才受驿站接待。几家属旅行，或以私籍公，需索驿站者，查出后立加严惩。但是张家的仆人甚至亲友的仆人却可以任意向地方官需索车马船只，并及于扛格行李的夫役。张居正要求其他官员励行节俭，但是他却不能以身作则，这当然不能不贻人以口实。上述情形，也许可以推说为下人蒙蔽；然而他在私人函件中屡次提到他亲信的文官曾向他赠送贵重的“礼物”，包括现金和田地，这就不仅使他无法自解，也使对他同情的人不能置辩。也许在他看来，他自己的奢华和别人的节俭不过是因地位不同因而各有本分。但是在他的政敌的心目中，这就是言行不一的一大证据；即在一般人看来，这至少也是道德上的疵暇。这些地方也使万历丧失对元辅老师的一番尊敬，因为事实具在，不像“谋逆篡位”一套罪状，虽然严重，却令人难于置信。
张居正的最后几年里，对他的批评者非常敏感，而对有名的文士尤甚。这些名士生平只知用华美的文章大言欺人，决不会对他崇实的作风起好感；因之他也就视此种人为寇仇。如果申时行有机会对他前任和后台老板发牢骚，他一定会指出张居正对待这般人的态度未免过分，而且由此而牵累了自己。因为在这些人眼中，他总是张居正的私人。平心而论，张居正对待一般文人，确乎过于偏激而有失宽厚。这些撰写文章的专家根据“学而优则仕”的原则，认为他们的诗词歌赋是赢得厚禄高官的资本。张居正纵使因为他们没有济世之才而加以摈斥，也不妨采用比较温和的方法敬而远之，不去触怒他们。例如王世贞，是本朝数一数二的散文大家，又和张居正同年得中进士，按理说应该情谊深厚，然而清形却不是这样。王世贞一心想做尚书，多次主动向张居正表示亲近，替他的父母作寿序，又赠送了许多礼物，包括一件极为名贵的古人法书。但是张居正却无动于衷，反而写信给王世贞，说什么“才人见忌，自古已然。吴干越钩，轻用必折；匣而藏之，其精乃全”。前两句恭维，其后则把王比作脆弱而不湛使用的武器看待，只能摆在盒子里让人赞赏他雕铸之美，却不能用以斩将夺旗。王世贞当然不曾忘记这段羞辱，他日后为他的同年作《张公居正传》时，也就以牙还牙，行间字里，酸辣兼备；其中提及申时行，也多轻蔑之语。
还有一个文坛健将汪道昆，凑巧也是张居正的同年，他官至兵部侍郎，有一笔由他经手的边防公款，经监察官查核认为账目中有不实之处；而汪提供的报销，却用华丽动人的散文写成。张居正对此事极感不满，他铁面无私地在一封信上指出“芝兰当路，不得不锄”。汪侍郎虽有芝兰之美，然而却开放在众人行经的道路上，管理公路的员工张居正也不得不把这名花异卉一锄所去。这封信刚刚写完，汪道昆就被迫退休。
张居正开罪于文人有如上述二例。这也表现他虽为首辅，却没有认清文官集团还有另一种双重性格。在他执政的时代，在名义上说，文官还是人民的公仆，实际上则已包罗了本朝的出色人物，成为权力的源泉，也是这一大帝国的实际主人。张居正按照过去的眼光仍然把文官集团当作行政工具，对其中最率众望的人物不加尊敬，就使自己陷于孤立的地位。直到危机四伏之际，他才发现了这一点，并且引用怫家经义，作为自己精神上的解脱，说是：“如火火聚，得清凉门。’既能在狂燎烈焰之中有冰凝水静的感觉，则他虽尚在人间身居首辅，却已经把自己当作烈士看待了。
申时行没有做烈土的决心。他坐在前任的书案之后，认为张居正当年如能避免各种错误，他就没有自我牺牲的必要。申时行记得清楚：在万历初年大家对张居正还心存钦慕，他们没有责成这个首辅舍弃旧章，创造一个新的行政系统。他们心目中的大政治家，应当以个人的声望来调和各种极端。在一般情形之下，他需要用明确而坚定的态度处理公务；但这标准只能维持到一定的限度。事态的发展逾于限度之外，则就要用想道来原谅各人的过失。首辅的最大贡献，则在于使各种人才都能在政府中发挥长处。大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”。
除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有限则有阴。他必须恰如其分地处理此中矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评论如“首尾两端”之类，就只能付诸一笑。
申时行下决心当和事佬，固有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。
他在初任首辅的两年内，曾一再感到风雨飘摇。当日见被目为张居正的私人，都要费一番心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早为人所共知。纵是他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝年已19岁左右，嘴唇上和颔下已长出了稀疏的短须，伊然一个成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑忌。这又增加了左右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到，在他前任8个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正6人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无一不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为至善或极恶。
在1583年的夏天到1585的夏天，申时行似乎感觉到有一个政治上的黑箍套在自己脑袋上，而且一天比一天加紧。反对他的以年轻的京官居多，只是因为他们还没有完全摸清皇帝对申先生的真实态度，一时不敢造次，但是攻击已经逐渐展开。他们首先质问：张居正的四个儿子，三个得中进士，其中两个人翰林院，申时行当日为会试时主试官之一，难道和他没有关系？这一质问没有动摇申时行的地位，他们接着又建议，今后大学士的儿子一律不得参加会试，这矛头显然是针对申时行的长子申用撤。再接着他们又弹劾吏部尚书杨巍，说他用人办事都逢迎内阁旨意，言外之意乃是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学漠却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由是他在选择皇帝陵墓的地址时，没有广泛地听取港舆专家的意见，以致没有选到一个真正的吉穴，但真正原因乃是徐学漠已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉。
这种攻击是经过深思熟虑，按照预定步骤进行的。整个方式可以称为“去皮见骨”。攻击者常常从一些小事开始，诸如一句经书的解释，一种谐音的讽刺，一张不署名传单的内容，一个考题的不当等等，有时也可以在奏章上提出一个冤案，参劾一个不知名小富的家庭琐事，或者以论水利和研究马尾巴发难引出本题。利用这些小事可以促使公众注意，引起文官参加，假以时日，使小事积累而成大事，细微末节的局部问题转化而成为整个道德问题。在程序上讲，发展中的步伐则须前后衔接，第一步没有收到效果之前决不轻率采取第二步。而且出场交锋的人物起先总是无名小卒，直到时机成熟才有大将出马。这种方式，大凡久在政治圈子里的人物，都已看透，他们可以从青萍之末，预测大风暴的来临。
而对着这布置周详的攻击，申时行险些垮台；再加以高启愚一案，他更是被拖到了悬崖边上。然而出人意料之外的乃是他顶住了这种攻击。在这危机中摇而不坠，以后重又站稳了脚跟。这是申时行生活史上的一大胜利，使他的政治地位更趋巩固。
高启愚出身翰林院，曾任南京和北京的国子监祭酒，相当于国立大学校长。由于申时行的推荐，他以礼都右侍郎的身份充任皇帝的经筵讲官。按照过去成例，他之被任为大学士已是指日间事。和申时行一样，他还很可能为来日之首辅。只是高启愚命运乖违，正在官运亨通之际，忽然被人检举。几年之前他主持应天府乡试所出试题“舜亦以命禹”，这时被认为宣扬掸让，即是恭维张居正有神禹疏凿之功；在有德者则君临天下的前提内，这也就是向张劝进。这一攻击既阴险又毒辣，因为它正中了皇帝心理上的要害。攻击者预料，高启愚为申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为高辩护，于是就可以）顺水推舟地搞垮申时行。
果然计出如神，案件一发动，申时行出而为高启愚辩护。攻击者按照原定部署参劾申时行，又如预料申被参离职家居待勘，二辅许国代理阁务。许国又为申时行辩护，过几天也被参劾，也同样在家听候处理。
只是攻击者没有预料的，乃是这一场大风浪，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初在高启愚出题劝进的时候一言不发，今日张居正已经倒台则又振振有辞？可见他们也另有其“阴”。他们好几个组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵责示了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”。
于是圣意乃决，申时行和许国都被挽留。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。攻击者因之不能再加置像。但是为了保持文官间的平衡，也为了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也不便过重处罚。直到数月之后风波平息，万历才把其中最激烈的分子各降三级，首先参劾高启愚的御史，也调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，可以令之置身事外，乃以“出题谬妄”的罪名，被颁夺文官身份和以前恩赐的祖先浩命。
张居正一案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被俄家产也已没收，儿子进士翰林的名称又经一笔勾销，今后即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
等到这一案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真象。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及皇帝陵墓风水好坏的恐怕很少，甚至借这个题目可以拥戴首辅以便自己升官的也不能太多。应当注意的仍是张居正本身是一个令人感情激动的题目。只要一提起他的名字，就立刻引起很多人气愤，因此反对者不一定要费很大的气力，即可以利用各文官间对故太师的反感，排斥他所接近的人，如侍郎表讲官高启愚、利部尚书徐学漠和他申时行自己。
为什么张居正这样令人痛恨？原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后合老板以及提拔的后进。他们又无一不有千丝万缕的家族与社会关系，因之得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办、法，是和全国的读书人作对。
张居正又错误地使用了懈复这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元铺张先生却用它来推动自己的政策。御史和绘事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。要不是在他执政之日有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。
1585年，万历皇帝决心将张居正一案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允。因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难，一味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟一有组织性的条例也就此撤销。
为了表示胸襟开阔，申时行对参劾过自己的官员概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。另一件出人意外之事则是他替邹元标说好话。这一位邻元标，除了上书触怒圣颜之外，还帮助反对申时行的一派逐走了他的儿女亲家徐学漠。万历本来想重办邹元标，申时行出来讨价还价，终于使邹没有受到廷杖，仅以除籍了事，而在邹元标离职以后，申时行还在设法使他能第二次被召复职。
1587年又值京察之年，这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之列。与他前任1581年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位。于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有33人降级或罢免，而且这33人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种想道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众xx交誉为老成持重，有古君子之风。
他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的劝说能力，委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情，如果不是申时行采用恰当的方式调停，很可能造成皇帝与百官间的冲突。因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法，要是他们一定要以道德的名义在御前海谏，言语冲突之余，万历一动反感，很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然，确已尽到从中调济的职责。
反对申时行的则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治？
管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生间隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生牌隙。申时行用恕道待人，又鼓励城信，就是期望各人自动地各尽其能地补救够隙。申时行的立论并非没有理由，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，然而最近以来，申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪，经筵也久被搁置。申先生内心明白，经过张居正事件之后，皇帝对各种告汗、争论和答辩已经不感兴趣，他对一切都取怀疑的态度。因为他从小束发受教，就听说“王者无戏言”，天子应对一切事物认真，更要在一句一语之间，相信亲信人的话。而现在看来，每个人都是说管说，做管做，两不相干，这又何怪乎他怀疑一切？他之所谓“讪君卖直”，就表示他已经知道凡事都有其明暗阴阳。他对廷臣要求他为尧舜之君的说法不加反对，因为这是“四书”中的准则，又是祖先的训示，不容置辩。可是以他的聪明敏感，谁又能够保证他在内心深处，没有把这种要求当成臣下为他设置的羁绊？
皇帝放弃诚意，使申时行至为不安。然而他没有更好的办法，只好自己坚持信心，静待时机的好转。可是无情的时光，究竟还有多少让申时行来安排和等待呢？1587年，即万历十五年的秋天，他作为首辅已四年有半，今后还有四年，他仍为文渊阁的首长。在他不知不觉的用尽了命运为他安排作首辅的全段时间，那么太傅兼太子太师左柱国中极殿大学士申时行即想在文渊阁再多留一天，也是不能为时势所容许的了。